FortiAuthenticator可作为Windows代理，这是一种用于Windows操作系统的多因素认证方法。这一功能允许用户通过FortiAuthenticator验证的Fortitoken、一次性密码、电子邮件令牌或短信令牌来登录Windows系统。 在修改后的登录过程中，用户需要输入用户名和一次性密码进行验证，其中用户名和密码由Active Directory正常验证，而一次性密码由FortiAuthenticator先行验证，从而防止了暴力破解密码的可能性。 FortiAuthenticator还支持长达200天的离线令牌缓存。